Sistem Akademik di Program Boarding School memiliki muatan keilmuan sains yang tercermin pada mata pelajaran Matematika, Fisika, Biologi dan Kimia, dan ditunjang dengan muatan kegamaan pada pelajaran Akidah Akhlak, Fikih, Al Quran Hadits, Sejarah Kebudayaan Islam. Selain itu, untuk mengembangkan kemampuan keterampilan tercermin pada mata pelajaran Pendidikan Jasmani (Olahraga), Kewirausahaan, dan Teknlogi Infomatika. Pengusaan Bahasa Asing seperti Bahasa Inggris dan Bahasa Arab juga diberikan selama tiga tahun.